Le territoire de Rueil est fréquenté depuis une période très ancienne : on a mis au jour, sur le site des "Closeaux" à l'occasion de travaux de fondations pour l'implantation d'un nouveau quartier, près de la Seine, un site datant du Mésolithique d'une peuplade azilienne (10 300 à 8 700 avant notre ère).

Initialement appelé Rotoialum ou Roialum, c'était un lieu de plaisir et de chasse des rois mérovingiens, du VIe au VIIIe siècle.

Charles le Chauve, vers 870, donna ce domaine à l'abbaye de Saint-Denis. À la fin du XIIe siècle, les moines bénédictins construisirent une chapelle dédiée à saint Cucufa dans l’ancien bois Béranger qui deviendra après le XVIIIe siècle le « bois de saint Cucufa ».

Lors de la Chevauchée d'Édouard III en 1346, Rueil a été incendié par le Prince Noir.

En 1584 Antoine Ier de Portugal, en exil en France, habita Rueil et y posa la première pierre d'une église sur l'emplacement de l'ancienne qui tombait en ruine.

En 1622, Christophe Perrot, un conseiller du Parlement de Paris, s'est fait construire un château sur le site appelé Malmaison.

Les moines vendirent le domaine en 1633 au cardinal de Richelieu, qui s'installa au château du Val, construit pour Jean Moisset, financier sous Henri IV. Loin des cabales et du bruit de la ville, il en fit sa résidence favorite10. C'est d'ailleurs Richelieu qui finança l’achèvement de l’église Saint-Pierre-Saint-Paul en faisant édifier sa façade par son architecte Lemercier.

À la mort du cardinal, en 1642, c'est sa nièce, la duchesse d'Aiguillon, qui en hérita. Le château fut un temps le refuge d'une partie de la cour, notamment Louis XIV, sa mère Anne d'Autriche et Mazarin, pendant la Fronde. C'est d'ailleurs là que fut signée la Paix de Rueil le 11 mars 1649.

En 1691, Madame de Maintenon loua une maison à Rueil pour y recevoir les enfants pauvres et leur donner un peu d'instruction, ce furent les prémices de l'institution qu'elle installa finalement à Saint-Cyr, plus près de Versailles.

En 1754, la construction de la caserne, en même temps que celles de Courbevoie et de Saint-Denis, et l'arrivée d'un régiment de gardes suisses à Rueil fit considérablement augmenter la population. La caserne de Rueil (Aujourd'hui caserne Guynemer, à côté de laquelle se trouve le Musée des Gardes suisses), construite par l'architecte Charles-Axel Guillaumot, est encore en activité, c'est d'ailleurs la seule qui subsiste sur les trois.

À la Révolution, le château, devenu propriété nationale, fut vendu en 1793, et ensuite acheté par le duc de Rivoli, prince d'Esling, maréchal Masséna.

À partir de la fin du XVIIIe siècle, le château de Malmaison accueillit Napoléon Bonaparte et sa femme Joséphine de Beauharnais. Propriétaire du château, Joséphine le fit réaménager par les architectes Percier et Fontaine. Pendant le Consulat, Napoléon y passa beaucoup de temps dans des réunions de son gouvernement et c'est là que furent décidées par exemple la vente de la Louisiane ou l'institution de la Légion d'honneur.

En 1815, les Anglo-Prussiens prirent Rueil et le pillèrent. Tandis que les Anglais dévastaient la Malmaison, les Prussiens entraient dans la propriété de Masséna, ravageant le parc, dépouillant le château de tous les objets faciles à transporter, et brisant les meubles.